O Mestrado Profissional em Ensino de Ciências e Matemática tem por objetivo aprofundar a formação de professores dos diversos níveis de ensino de Matemática e de Física quanto ao domínio de conhecimentos envolvidos no processo de ensino e aprendizagem destas disciplinas, relevando os aspectos epistemológicos, metodológicos e históricos. Enfatiza também a formação para o uso de novas tecnologias de ensino, a divulgação científica e a realização de pesquisas sobre os fenômenos ocorridos em sala de aula.

Destinado aos graduados nas áreas de Física e Matemática que atuam como professores destas disciplinas, tem caráter profissional, ou seja: 1. aprofunda a formação docente e 2. habilita e capacita os seus mestrandos para a realização de pós-graduação em nível de doutorado.
Para atingir esta dupla função, prevê-se um prazo de 03 (três) anos, esperando-se que o mestrando dedique pelo menos um turno para a realização das atividades curriculares, ou seja, 20 horas semanais. A estrutura curricular está estruturada de modo que o aluno/professor curse as disciplinas obrigatórias, as optativas e realize o seu exame de qualificação em 18 (dezoito) meses, dedicando o mesmo espaço de tempo para a realização do estágio docente e o trabalho final.